Ćwiczenia ruchowe wraz z towarzyszącym im kontrolowanym, świadomym oddechem rozwijały się w Chinach jako nieodłączny element chińskiej dbałości o zdrowie i tradycyjnej medycyny chińskiej, pochodzącej od Żółtego Cesarza Huang Di (ponad 2500 lat p.n.e.). Prapoczątki czikungu sięgają więc prawie 5000 lat wstecz, a i wtedy wiele z nich było kontynuacją zdrowotnych rytuałów szamańskich.

Najstarsza nazwa chińskich ćwiczeń, dao yin, przyjęła się dla form praktykowanych w klasztorach taoistycznych. Inna stosowana w dawnych czasach nazwa, tu na, oznaczała ćwiczenia oddechowe. We wszystkich rodzajach chińskich ćwiczeń zdrowotnych najważniejszym aspektem było i jest pobieranie, wzmacnianie i właściwe rozprowadzanie w organizmie energii czi (qi) – odpowiednika indyjskiej prany.
Stąd wzięła się późniejsza i do dziś używana nazwa tych ćwiczeń: qigong, czyli doskonalenie, perfekcyjne opanowanie, praca (gong) z energią życiową (qi).
Korzenie dzisiejszego czikungu wywodzą się po części z indyjskiej jogi. Od I wieku n.e. w Chinach szerzył się buddyzm. Na początku VI wieku, na zaproszenie cesarza Wu z południowej dynastii Liang, przybył do Chin legendarny indyjski mnich Bodhidharma, w Chinach zwany Da Mo. Uważa się go za twórcę buddyzmu zen (po chińsku chan). Mnich ów zatrzymał się na dłużej w założonym u schyłku V wieku klasztorze buddyjskim Shaolin. Głównym zajęciem mnichów buddyjskich były medytacje. Sam Bodhidharma podobno medytował bez przerwy w jednym miejscu przez 9 lat. To właśnie jemu legenda przypisuje opracowanie – w trakcie pobytu w górskiej grocie – programu ćwiczeń fizycznych dla klasztornych mnichów, którym z braku ruchu dokuczała senność i gnuśność.

Pierwotne ćwiczenia rozciągające i oddechowe na bazie indyjskiej jogi w połączeniu z istniejącymi już chińskimi ćwiczeniami oraz metodami samoobrony, rozwinęły się w słynny, najpopularniejszy na Zachodzie zewnętrzny styl walki, znany jako kung-fu z Shaolinu, a szaoliński system ćwiczeń wewnętrznych to tak zwany czikung buddyjski. Najprawdopodobniej Bodhidharma nie był ani pierwszym, ani jedynym indyjskim mnichem, który dotarł do Chin i wykorzystał swoją znajomość jogi do stworzenia lokalnych, chińskich systemów ćwiczeń zdrowotnych tego typu.
Obecne formy czikungu, uprawiane na całej kuli ziemskiej i zdobywające sobie coraz większą popularność, są efektem kilku tysięcy lat praktyki mistrzów chińskich i ich uczniów, a w ciągu ostatniego stulecia również i coraz większej rzeszy adeptów we wszystkich krajach świata. Czikung jest żywym organizmem, a jego style wciąż mieszają się ze sobą, są udoskonalane i przystosowywane do czasów oraz warunków życia. Ten proces odbywa się szczególnie poza Chinami, np. w Ameryce, gdzie nauczyciele dość swobodnie podchodzą do przywiezionych z Chin ćwiczeń. Nikt nie wie nawet w przybliżeniu, ile jest obecnie praktykowanych różnych systemów i form czikungu. Liczą się one w tysiącach i wciąż dochodzą nowe, tworzone na bazie starych.   

Nie jest to więc skostniały system, lecz dynamiczna, pełna potencjału rozwojowego metoda poprawiania jakości życia. Tym niemniej kilka klasycznych form czikungu, wywodzących się od najstarszych chińskich ćwiczeń zdrowotnych, przetrwało do dziś w prawie niezmienionej formie. Każdy z nich ma liczne wersje, lecz łączy je wspólna idea i sposób oddziaływania na szeroko pojęte zdrowie psychofizyczne.  Należą do nich cztery najbardziej znane i cenione oraz szeroko propagowane w Chinach czikungi:
Wu Qin Xi (Zabawa pięciu zwierząt),
Ba Duan Jin (Osiem kawałków brokatu), 
Yi Jin Jing (Wzmacnianie mięśni i ścięgien)
oraz Liu Zi Jue (Sześć dźwięków leczniczych).